Bệnh đậu mùa khỉ lây từ người sang người qua tiếp xúc gần với người bệnh phát ban đậu mùa khỉ, bao gồm qua tiếp mặt với mặt, da với da, miệng với miệng hoặc miệng với da, gồm cả quan hệ tình dục. Chúng ta vẫn chưa xác định được người bệnh có thể lây truyền bệnh trong bao lâu, nhưng nói chung, người bệnh được coi là vẫn có khả năng lây bệnh cho người khác cho tới khi tất cả các tổn thương đã đóng vảy, lớp vảy đã bong ra và hình thành một lớp da mới.
Môi trường sống có thể bị nhiễm vi rút bệnh đậu mùa khỉ. Ví dụ, khi một người mang mầm bệnh đậu mùa khỉ sờ, hay chạm vào quần áo, ga, gối, khăn mặt, các đồ vật, dụng cụ ăn như bát/đĩa, xoong chảo, đồ điện tử hoặc các bề mặt. Khi người khác chạm vào các đồ vật này thì họ sẽ bị nhiễm bệnh. Chúng ta cũng có thể bị nhiễm bệnh do hít phải vảy da hoặc vi rút từ quần áo, ga gối hoặc khăn mặt. Cơ chế này gọi là lây truyền qua vật trung gian (fomite).
Vết loét, tổn thương hoặc chỗ đau trong miệng cũng có nguy cơ làm lây nhiễm, nghĩa là vi rút có thể phát tán qua tiếp xúc trực tiếp với miệng, giọt bắn hô hấp và có thể qua hạt bụi khí (aoresol) phạm vi gần. Chúng ta vẫn chưa hiểu hết cơ chế lây truyền qua không khí của bệnh đậu mùa khỉ, và vẫn cần nghiên cứu thêm.
Vi rút cũng có thể làm lây bệnh từ người mang thai sang thai nhi, sau sinh qua tiếp xúc da với da, hoặc từ cha mẹ mắc bệnh đậu mùa khỉ sang trẻ sơ sinh hoặc trẻ nhỏ khi tiếp xúc gần.
Mặc dù đã ghi nhận các ca bệnh không triệu chứng nhưng chúng ta vẫn chưa rõ liệu người bệnh không triệu chứng có làm lây bệnh hay không, hay bệnh có thể lây truyền qua các loại dịch khác của cơ thể hay không. Các mẩu DNA từ vi rút gây bệnh đậu mùa khỉ đã được tìm thấy trong tinh dịch nhưng chúng ta vẫn chưa biết bệnh đậu mùa khỉ có lây truyền qua tinh dịch, dịch âm đạo, nước ối, sữa mẹ hay máu không. Hiện các nghiên cứu đang được tiến hành để tìm hiểu xem bệnh đậu mùa khỉ có thể lây truyền qua việc trao đổi dịch thể trong và sau khi nhiễm bệnh có triệu chứng hay không.
